On approche de l’an 2000. Le pouvoir de Kami (Dieu) est bloqué sur Terre, et s’il ne récupère pas assez d’énergie avant l’an 2000, il mourra.
La jeune Maron Kusakabe, âgée de 16 ans, en apparence une étudiante comme les autres, est en fait la réincarnation de Jeanne d’Arc, envoyée par Kami. A l’aide de son ange Fin Fish, elle se transforme en Kaitou Jeanne pour chasser les démons qui se camouflent dans les oeuvres d’art. Quand un démon est vaincu, l’oeuvre disparait et est remplacée par un dessin angélique, et l’énergie se matérialise en pièce de jeu d’échecs.
Cependant, la chasse n’est pas toujours aisée. La meilleure amie de Maron, Miyako Toudaiji, la fille d’un officier de police, cherche à tout prix à capturer Jeanne, réputée pour être une voleuse hors pair.
De plus, un rival ne tarde pas à concurrencer Jeanne : il s’agit de Kaitou Sinbad, qui lui aussi cherche à collectionner les pièces de jeu d’échecs des démons. Mais elle ne sait pas encore que cet homme n’est autre que Chiaki Nagoya, le nouvel élève de sa classe qui lui fait des avances, auxquelles elle ne reste pas insensible…